Para flexibilizar e otimizar os resultados do trabalho, o SISTEMA desenvolve uma gestão participativa, envolvendo membros da sociedade e comunidade. A instituição preza pela transparência, clareza na prestação de contas dos investimentos dos associados e pela confiança dos seus atendidos. Para assegurar o controle da gestão da boa Governança Coorporativa, a instituição conta com auditorias internas e externas, sendo que as externas acontecem anualmente e são realizadas pela empresa SOLTZ, MATTOSO & MENDES no balanço contábil. Cada uma das Associações do Sistema Divina Providência possui Diretoria e Conselho próprios, formado por voluntários de índole ilibada, comprometidos com a causa social. 

Os membros diretivos não gozam de nenhum benefício por meio da instituição, seja financeiro, político ou de promoção pessoal. Ao final de cada ano a diretoria do SISTEMA e os responsáveis das unidades se reúnem em uma Assembleia Geral, onde são apresentados os dados estatísticos do atendimento, os trabalhos realizados no ano em exercício e o planejamento do ano vindouro. Nessa Assembleia também são discutidos os projetos do SISTEMA e são votadas novas ações.